Согласно легенде церковь была построена в VII веке, однако по своей архитектуре ее можно отнести к XIII веку, о чём утверждает также известный французских ориенталист-лингвист и историк Мари-Фелисите Броссе. Изначально Церковь Богоявления Святого Креста в Ахалцихе была армянской апостольской, но в XVIII веке (по другим данным в XVII) передана Армянской Католической церкви.

Современное состояние

Сообщается, что некоторые силы хотят превратить храм в грузинский католический центр, и с этой целью сейчас в церкви идут работы по благоустройству. С 2007 года ведутся широкомасштабные работы по присвоению других армянских храмов региона. Как передают СМИ, в Ахалцихском муниципалитете к 2010 году уже переосвящены в грузинские 2 армянских католических храма. Сообщается, что работы в самой церкви и прилегающих территориях, проводились в разрез с общепринятыми стандартами проведения восстановительных работ. Более того, в результате проведения земляных работ был поврежден фундамент церкви. В настоящее время проводимые работы временно приостановлены для решения определенных вопросов в том числе и дипломатического характера. Глава научно-исследовательского центра историко-культурного наследия при Министерстве культуры Армении Акоп Симонян сообщает, что есть соответствующая документация датированная XVIII-XIX веками, где чётко отмечается наличие армянских надписей на хачкарах, найденных в церкви. Также он утверждает, что в ходе последних исследований храма было найдено 4 хачкара, на трёх из которых есть армянские надписи, и что самое главное, один из этих трёх хачкаров датирован 1366 годом. Акоп Симонян заявил, что таким образом вопрос принадлежности церкви может рассматриваться лишь между апостольской или католической ветвями армянской общины, а не армянами и грузинами.